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Browsing by Author "HSU HSIN-YUN"

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    發展一結合流式微陣列之蛋白質體分析方法以作為泛素(Ubiquitin)相關之生物分子交互作用確認平台
    (2010)
    許馨云
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    HSU HSIN-YUN
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    國立交通大學應用化學系（所）
    泛素化（ubiquitination）是一種蛋白質轉譯後的修飾作用，原本被�為僅是細胞內一種 負責蛋白質�解的信號，��此�程來控制細胞中關�信號蛋白和調節蛋白的濃度，� 時�以去除�多����折疊錯誤或�變的蛋白質。但目�越來越多的研究指出這種修 飾作用在細胞中還�用來調節許多��的生物途徑以維�正常生�功能的�作，若此種 修飾作用發生�題，將�能導致疾病，例如人類退化性的神經疾病�細胞凋亡��疫(如 NF-B)與發炎�應�細胞週期�DNA的修補和抑癌基因(如p53)等，都被發�與泛素的 修飾作用有關。因此，發展高通�方法用以有效的分�這些�到精細調控的訊�傳導網 絡，找到�此修飾作用影響的蛋白質分�，將有助於疾病診斷試劑的開發。質譜技術是 目�用以分�泛素化蛋白質分�最具潛力的方法。然而，許多目�在此領域的研究�� �在定性的分�這些修飾作用。蛋白質分�的確�也�然需�相當�複的實驗�程。此 外大多數生物體內細胞的應答是������形��程度的泛素修飾，因此，建立一個 能夠定�分�這些修飾作用的方法是必�的。 本計畫將��質譜技術與��懸浮微陣列發展一高通�的泛素化蛋白質分�分�平� 並使這些候�目標分�能夠有效的大�模定�分�確�。�特定泛素��形�有親和性 的蛋白質����（ubiquitin binding domains, UBDs)將作為泛素化蛋白質分�的�步分 類之質譜增�(enrichment)工具，使這些泛素修飾的蛋白質分�根據����形�而能夠 分別的平行分�並研究�����能�應的相關功能。轉錄因�NF-kB�與在許多生� 功能�作包括�疫發炎�應�細胞的增生分化與癌化等。泛素修飾作用在其訊�傳導調 節上扮演關�性的角色並且已廣泛被研究。本計畫將以NF-kB作為模�分�以此訊�途 徑來驗證此分�方法的�行性，候�目標分�將����懸浮微陣列作有效確�。 在此為期三年的計畫中，待完�的工作分列如下： 第一年：特定泛素��親和性分�篩�與評估 建立pull-down assay與實驗�件之最佳化 第二年：建立轉錄因�NF-kB細胞內活化模� 細胞培養與泛素化蛋白質樣本製備 親和性液相層�質譜分� 第三年：整���懸浮微陣列平�： 候�目標分�確� 設計微陣列檢測�程與標的組�以建立診斷應用工具
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    發展一結合流式微陣列之蛋白質體分析方法以作為泛素(Ubiquitin)相關之生物分子交互作用確認平台
    (2011)
    許馨云
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    HSU HSIN-YUN
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    國立交通大學應用化學系（所）
    泛素化（ubiquitination）是一種蛋白質轉譯後的修飾作用，原本被�為僅是細胞內一種 負責蛋白質�解的信號，��此�程來控制細胞中關�信號蛋白和調節蛋白的濃度，� 時�以去除�多����折疊錯誤或�變的蛋白質。但目�越來越多的研究指出這種修 飾作用在細胞中還�用來調節許多��的生物途徑以維�正常生�功能的�作，若此種 修飾作用發生�題，將�能導致疾病，例如人類退化性的神經疾病�細胞凋亡��疫(如 NF-B)與發炎�應�細胞週期�DNA的修補和抑癌基因(如p53)等，都被發�與泛素的 修飾作用有關。因此，發展高通�方法用以有效的分�這些�到精細調控的訊�傳導網 絡，找到�此修飾作用影響的蛋白質分�，將有助於疾病診斷試劑的開發。質譜技術是 目�用以分�泛素化蛋白質分�最具潛力的方法。然而，許多目�在此領域的研究�� �在定性的分�這些修飾作用。蛋白質分�的確�也�然需�相當�複的實驗�程。此 外大多數生物體內細胞的應答是������形��程度的泛素修飾，因此，建立一個 能夠定�分�這些修飾作用的方法是必�的。 本計畫將��質譜技術與��懸浮微陣列發展一高通�的泛素化蛋白質分�分�平� 並使這些候�目標分�能夠有效的大�模定�分�確�。�特定泛素��形�有親和性 的蛋白質����（ubiquitin binding domains, UBDs)將作為泛素化蛋白質分�的�步分 類之質譜增�(enrichment)工具，使這些泛素修飾的蛋白質分�根據����形�而能夠 分別的平行分�並研究�����能�應的相關功能。轉錄因�NF-kB�與在許多生� 功能�作包括�疫發炎�應�細胞的增生分化與癌化等。泛素修飾作用在其訊�傳導調 節上扮演關�性的角色並且已廣泛被研究。本計畫將以NF-kB作為模�分�以此訊�途 徑來驗證此分�方法的�行性，候�目標分�將����懸浮微陣列作有效確�。 在此為期三年的計畫中，待完�的工作分列如下： 第一年：特定泛素��親和性分�篩�與評估 建立pull-down assay與實驗�件之最佳化 第二年：建立轉錄因�NF-kB細胞內活化模� 細胞培養與泛素化蛋白質樣本製備 親和性液相層�質譜分� 第三年：整���懸浮微陣列平�： 候�目標分�確� 設計微陣列檢測�程與標的組�以建立診斷應用工具
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    開發新穎多模式光學可追蹤之氧化還原應答複合奈米探針於藥物釋放系統之應用
    (2014)
    許馨云
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    HSU HSIN-YUN
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    國立交通大學應用化學系（所）
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    開發新穎專一性泛素結合分子應用於懸浮式微陣列分析平台檢測
    (2012)
    許馨云
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    HSU HSIN-YUN
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    國立交通大學應用化學系（所）
    泛素（ubiquitin, Ub）在蛋白質轉譯後的修飾作用中扮演重要的角色，透過此修飾作用， 可控制細胞中關鍵訊號蛋白分子和調節蛋白質濃度，同時這種修飾作用在生物體中還 可用來調節許多不同的生物途徑以維持正常生理功能的運作。泛素的胺基酸序列中有7 個賴氨酸(Lysine, K)，分別在第6,11,27,29,33,48 與63 的位置 (K6, K11, K27, K29, K33, K48, and K63)。藉由其自身在此7 個位置不同的泛素化鍵結形式與修飾程度，可 能造成不同的蛋白質與蛋白質間交互作用而引發或活化不同的下游反應。此外，越來 越多的泛素親和分子(ubiquitin binding domains, UBDs)在不同的實驗研究中被發現，是 故此計畫期望延續先前研究，探討藉由這些具特定專一親和性的胜肽作為泛素相關蛋 白質體研究的分析檢測工具之可行性。 本計畫將從已建構之對特定泛素鍵結形式具親和性的蛋白質結合區位為主要材料，進 行進一步的分子設計，評估動力學參數以優化並提高其結合親和力；另一方面，將利 用噬菌體展示技術以快速篩選出對特定泛素鍵結形式具高度專一親和性之新穎泛素結 合分子。計畫最終期望利用這些經設計與篩選後的泛素高親和分子作為懸浮式微陣列 的檢測探針，發展一多參數高通量的泛素化蛋白質分子分析平台，使這些經泛素修飾 的蛋白質分子根據不同鍵結形式而能夠分別的平行分析並研究不同鍵結可能對應的相 關功能。 在此為期三年的計畫中，待完成的工作分列如下： 第一年：針對已知之特定泛素鍵結親和性分子進行分子設計： 量測辨識分子間的動力學參數與實驗條件之最佳化 第二年：開發新穎泛素親和分子應用於辨識特殊泛素鍵結形式 (K6, K11, K27, K29 and K33)： 建立快速噬菌體展示篩選流程 量測辨識分子間的動力學參數與實驗條件之最佳化 第三年：以懸浮式微陣列建構泛素化修飾之感測平台： 利用設計與篩選後之泛素高親和分子作為懸浮式微陣列的檢測探針， 設計微陣列檢測流程，建立檢測應用工具
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    開發新穎專一性泛素結合分子應用於懸浮式微陣列分析平台檢測
    (2013)
    許馨云
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    HSU HSIN-YUN
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    國立交通大學應用化學系（所）
    泛素（ubiquitin, Ub）在蛋白質轉譯後的修飾作用中扮演重要的角色，透過此修飾作用， 可控制細胞中關鍵訊號蛋白分子和調節蛋白質濃度，同時這種修飾作用在生物體中還 可用來調節許多不同的生物途徑以維持正常生理功能的運作。泛素的胺基酸序列中有7 個賴氨酸(Lysine, K)，分別在第6,11,27,29,33,48 與63 的位置 (K6, K11, K27, K29, K33, K48, and K63)。藉由其自身在此7 個位置不同的泛素化鍵結形式與修飾程度，可 能造成不同的蛋白質與蛋白質間交互作用而引發或活化不同的下游反應。此外，越來 越多的泛素親和分子(ubiquitin binding domains, UBDs)在不同的實驗研究中被發現，是 故此計畫期望延續先前研究，探討藉由這些具特定專一親和性的胜肽作為泛素相關蛋 白質體研究的分析檢測工具之可行性。 本計畫將從已建構之對特定泛素鍵結形式具親和性的蛋白質結合區位為主要材料，進 行進一步的分子設計，評估動力學參數以優化並提高其結合親和力；另一方面，將利 用噬菌體展示技術以快速篩選出對特定泛素鍵結形式具高度專一親和性之新穎泛素結 合分子。計畫最終期望利用這些經設計與篩選後的泛素高親和分子作為懸浮式微陣列 的檢測探針，發展一多參數高通量的泛素化蛋白質分子分析平台，使這些經泛素修飾 的蛋白質分子根據不同鍵結形式而能夠分別的平行分析並研究不同鍵結可能對應的相 關功能。 在此為期三年的計畫中，待完成的工作分列如下： 第一年：針對已知之特定泛素鍵結親和性分子進行分子設計： 量測辨識分子間的動力學參數與實驗條件之最佳化 第二年：開發新穎泛素親和分子應用於辨識特殊泛素鍵結形式 (K6, K11, K27, K29 and K33)： 建立快速噬菌體展示篩選流程 量測辨識分子間的動力學參數與實驗條件之最佳化 第三年：以懸浮式微陣列建構泛素化修飾之感測平台： 利用設計與篩選後之泛素高親和分子作為懸浮式微陣列的檢測探針， 設計微陣列檢測流程，建立檢測應用工具
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    開發新穎雙模式追蹤之氧化還原應答複合奈米探針於藥物釋放系統之應用
    (2015)
    許馨云
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    HSU HSIN-YUN
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    國立交通大學應用化學系（所）