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MicroRNA-483 amelioration of experimental pulmonary hypertension
(1970-01-01)
Zhang Jin
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He Yangyang
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Yan Xiaosong
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Chen Shanshan
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He Ming
Endothelial dysfunction is critically involved in the pathogenesis of pulmonary arterial hypertension (PAH) and that exogenously administered microRNA may be of therapeutic benefit. Lower levels of miR-483 were found in serum from patients with idiopathic pulmonary arterial hypertension (IPAH), particularly those with more severe disease. RNA-seq and bioinformatics analyses showed that miR-483 targets several PAH-related genes, including transforming growth factor-beta (TGF-beta), TGF-beta receptor 2 (TGFBR2), beta-catenin, connective tissue growth factor (CTGF), interleukin-1 beta (IL-1 beta), and endothelin-1 (ET-1). Overexpression of miR-483 in ECs inhibited inflammatory and fibrogenic responses, revealed by the decreased expression of TGF-beta, TGFBR2, beta-catenin, CTGF, IL-1 beta, and ET-1. In contrast, inhibition of miR-483 increased these genes in ECs. Rats with EC-specific miR-483 overexpression exhibited ameliorated pulmonary hypertension (PH) and reduced right ventricular hypertrophy on challenge with monocrotaline (MCT) or Sugen + hypoxia. A reversal effect was observed in rats that received MCT with inhaled lentivirus overexpressing miR-483. These results indicate that PAH is associated with a reduced level of miR-483 and that miR-483 might reduce experimental PH by inhibition of multiple adverse responses.
建立一個新穎的生物資訊平台來預測與驗證做為早期診斷的microRNA 生物標記組合
(2014)
黃憲達
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Huang Hsien-Da
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國立交通大學生物科技學系（所）
建立一個新穎的生物資訊平台來預測與驗證做為早期診斷的microRNA 生物標記組合
(2015)
黃憲達
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Huang Hsien-Da
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國立交通大學生物科技學系（所）
微小核醣核酸〔microRNA/miRNA〕為一段長約由22個核苷酸組成的非編碼核醣核酸分子，廣泛地研究 miRNA在基因表現調控的角色。近年來研究發現，微小核醣核酸在血清、血漿等體液中穩定存在，循環血液中的miRNA表現圖譜被應用於癌症、心血管、免疫及各種疾病。miRNA生物標記〔miRNA biomarker〕為非侵入性的診斷，具有極大的潛能成為疾病及癌症診斷與預測的工具。因此，發展 miRNA生物標記分析及驗證平台極為重要。在此研究計晝中，我們感興趣於大腸直腸癌〔colon cancer〕、冠狀動脈疾病〔coronary artery disease〕、肝癌〔liver cancer〕及妊娠毒血症〔preeclampsia〕的早期檢測與診斷。本研究將發展一個早期檢測和診斷miRNA生物標記〔miRNA biomarker〕s的分析及驗證平台，結合資料庫、高通量定序實驗〔Next-generation sequencing〕與序列分析技術、生物資訊〔Bioinformatics〕、統計分析與多重miRNA定量技術。研究目標如下：〔a〕建立miRNA生物標記分析平台，包含miRNA生物標記知識庫建立、miRNA的功能註解、分析 miRNA表現圖譜找到及驗證新的miRNA生物標記及挑選表現及功能獨立的miRNA〔第一年〜第三年〕。〔b〕發展多重miRNA定量技術，同時測定多個miRNA生物標記基因表現〔第二年〜第四年〕。〔c〕結合臨床檢體來驗證miRNA生物標記組，第一〜二年為妊娠毒血症，第三年為肝細胞癌和冠狀動脈疾病，第四年為肝細胞癌。本研究特色在於，我們將整合計算與實驗方法來挑選早期檢測及診斷miRNA生物標記，建立多重 miRNA定量技術同時測定多個miRNA生物標記基因表現。為了挑選出最佳的miRNA生物標記組合一個最好的生物標記模組，利用表現及功能獨立的miRNA生物標記來最小化生物標記及最大化疾病診斷的分別。我們將產出妊娠毒血症、肝癌、冠狀動脈疾病及大腸直腸癌的早期診斷miRNA生物標記組將被發展及驗證。每個疾病的miRNA生物標記組，將利用至少200以上的臨床檢體來驗證，我們將運用Area under the curve〔AUC〕、敏感性〔Sensitivity〕及特異性〔Specificity〕等指標來衡量疾病預測模型的準確度。本研究成果將可對於所提出疾病之早期偵測及診斷做出很好的貢獻。亦可針對所提出的miRNA生物標記之生物功能探討，做深入的分析。
建立一個新穎的生物資訊平台來預測與驗證做為早期診斷的microRNA 生物標記組合
(2016)
黃憲達
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Huang Hsien-Da
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國立交通大學生物科技學系（所）
建立世界級MicroRNA生物資料庫和MicroRNA-基因調控網路分析平台
(2012)
黃憲達
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Huang Hsien-Da
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國立交通大學生物科技學系（所）
背景與重要性: 微小核醣核酸(microRNA/miRNA)為一段長約由22個核苷酸組成的非編碼寡核醣核酸分子，主要功能為抑制蛋白質轉譯或降解mRNA來降低基因表現量。近年高通量實驗技術的發展，除了技術較成熟的Microarray之外，新世代定序(Next generation Sequencing: NGS)的發展也使miRNA相關研究變的更為發達，促使更多的生物機制和調控模式被闡明。因此，發展miRNA知識庫、系統化分析miRNA的NGS資料、重建及分析miRNA調控網路極為重要。研究目的與研究方法: 本研究運用資料探勘方法，結合生物資訊計算統計分析及高通量實驗與分析技術。首先，建立miRNA知識庫，接下來系統化分析miRNA的NGS資料，重建miRNA調控網路包括miRNA的轉錄調控、miRNA-RNA結合蛋白的控制以及miRNA最終扮演的基因down-regulation功能。本研究所提出的研究目標，摘要如下： (1)建立miRNA知識庫: 整合所有miRNA研究中重要的研究資源，以建立一個全新全面的miRNA知識庫，不但幫助我們後續的研究，同時也提供重要資源給科學家使用。 (2)miRTarBase的擴充: 目前此資料庫已經是研究miRNA-target中最完整的資料庫，我們不斷的在更新資料，並且計畫新增次世代定序技術資料，以維持其領先的地位。 (3)建立同源miRNA標的基因資料庫: 先前研究已經有許多證據顯示miRNA標的基因的位置是具高度保留性，利用已驗證的miRNA標的基因資料(from miRTarBase)來將所有同源基因的miRNA標的基因位置做分析，建立同源miRNA標的基因資料庫。預測標靶基因方法是利用機器學習來選擇與尋找序列特徵的方法，對已驗證的miRNA標的基因資料集(from miRTarBase)做分析，找出降低偽陽性預測的條件，提高預測的準確度。 (4)系統化分析新世代定序技術的miRNA與miRNA標的基因資料: 建立系統化分析平台，輸入資料為新世代定序技術之miRNA或miRNA標的基因序列，迅速的分析得到序列資訊、表現量及功能性預測分析。 (5)miRNA-RNA結合蛋白的分析: 目前已發現有多種miRNA-RNA結合蛋白調控模組，建立這些調控模組的調控關係來分析其它RNA結合蛋白，以找出更多的miRNA-RNA結合蛋白。 (6)重建miRNA 調控網路: 經由特定的基因表現資料或蛋白質表現資料與miRNA表現資料作功能性分析，建立miRNA直接調控與間接調控基因的調控網路圖譜。預期研究成果: 本研究發展的重要資料庫，Web服務器或分析工具等資源，預計會廣泛的被研究人員所使用。另外我們也持續的與生物實驗學者合作，利用生物資訊分析結合實驗驗證資料，也可以迅速的闡明許多miRNA在生物體中所扮演的調控角色。
建立世界級MicroRNA生物資料庫和MicroRNA-基因調控網路分析平台
(2014)
黃憲達
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Huang Hsien-Da
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國立交通大學生物科技學系（所）
背景與重要性: 微小核醣核酸(microRNA/miRNA)為一段長約由22個核苷酸組成的非編碼寡核醣核酸分子，主要功能為抑制蛋白質轉譯或降解mRNA來降低基因表現量。近年高通量實驗技術的發展，除了技術較成熟的Microarray之外，新世代定序(Next generation Sequencing: NGS)的發展也使miRNA相關研究變的更為發達，促使更多的生物機制和調控模式被闡明。因此，發展miRNA知識庫、系統化分析miRNA的NGS資料、重建及分析miRNA調控網路極為重要。研究目的與研究方法: 本研究運用資料探勘方法，結合生物資訊計算統計分析及高通量實驗與分析技術。首先，建立miRNA知識庫，接下來系統化分析miRNA的NGS資料，重建miRNA調控網路包括miRNA的轉錄調控、miRNA-RNA結合蛋白的控制以及miRNA最終扮演的基因down-regulation功能。本研究所提出的研究目標，摘要如下： (1)建立miRNA知識庫: 整合所有miRNA研究中重要的研究資源，以建立一個全新全面的miRNA知識庫，不但幫助我們後續的研究，同時也提供重要資源給科學家使用。 (2)miRTarBase的擴充: 目前此資料庫已經是研究miRNA-target中最完整的資料庫，我們不斷的在更新資料，並且計畫新增次世代定序技術資料，以維持其領先的地位。 (3)建立同源miRNA標的基因資料庫: 先前研究已經有許多證據顯示miRNA標的基因的位置是具高度保留性，利用已驗證的miRNA標的基因資料(from miRTarBase)來將所有同源基因的miRNA標的基因位置做分析，建立同源miRNA標的基因資料庫。預測標靶基因方法是利用機器學習來選擇與尋找序列特徵的方法，對已驗證的miRNA標的基因資料集(from miRTarBase)做分析，找出降低偽陽性預測的條件，提高預測的準確度。 (4)系統化分析新世代定序技術的miRNA與miRNA標的基因資料: 建立系統化分析平台，輸入資料為新世代定序技術之miRNA或miRNA標的基因序列，迅速的分析得到序列資訊、表現量及功能性預測分析。 (5)miRNA-RNA結合蛋白的分析: 目前已發現有多種miRNA-RNA結合蛋白調控模組，建立這些調控模組的調控關係來分析其它RNA結合蛋白，以找出更多的miRNA-RNA結合蛋白。 (6)重建miRNA 調控網路: 經由特定的基因表現資料或蛋白質表現資料與miRNA表現資料作功能性分析，建立miRNA直接調控與間接調控基因的調控網路圖譜。預期研究成果: 本研究發展的重要資料庫，Web服務器或分析工具等資源，預計會廣泛的被研究人員所使用。另外我們也持續的與生物實驗學者合作，利用生物資訊分析結合實驗驗證資料，也可以迅速的闡明許多miRNA在生物體中所扮演的調控角色。
建立世界級MicroRNA生物資料庫和MicroRNA-基因調控網路分析平台
(2013)
黃憲達
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Huang Hsien-Da
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國立交通大學生物科技學系（所）
背景與重要性: 微小核醣核酸(microRNA/miRNA)為一段長約由22個核苷酸組成的非編碼寡核醣核酸分子，主要功能為抑制蛋白質轉譯或降解mRNA來降低基因表現量。近年高通量實驗技術的發展，除了技術較成熟的Microarray之外，新世代定序(Next generation Sequencing: NGS)的發展也使miRNA相關研究變的更為發達，促使更多的生物機制和調控模式被闡明。因此，發展miRNA知識庫、系統化分析miRNA的NGS資料、重建及分析miRNA調控網路極為重要。研究目的與研究方法: 本研究運用資料探勘方法，結合生物資訊計算統計分析及高通量實驗與分析技術。首先，建立miRNA知識庫，接下來系統化分析miRNA的NGS資料，重建miRNA調控網路包括miRNA的轉錄調控、miRNA-RNA結合蛋白的控制以及miRNA最終扮演的基因down-regulation功能。本研究所提出的研究目標，摘要如下： (1)建立miRNA知識庫: 整合所有miRNA研究中重要的研究資源，以建立一個全新全面的miRNA知識庫，不但幫助我們後續的研究，同時也提供重要資源給科學家使用。 (2)miRTarBase的擴充: 目前此資料庫已經是研究miRNA-target中最完整的資料庫，我們不斷的在更新資料，並且計畫新增次世代定序技術資料，以維持其領先的地位。 (3)建立同源miRNA標的基因資料庫: 先前研究已經有許多證據顯示miRNA標的基因的位置是具高度保留性，利用已驗證的miRNA標的基因資料(from miRTarBase)來將所有同源基因的miRNA標的基因位置做分析，建立同源miRNA標的基因資料庫。預測標靶基因方法是利用機器學習來選擇與尋找序列特徵的方法，對已驗證的miRNA標的基因資料集(from miRTarBase)做分析，找出降低偽陽性預測的條件，提高預測的準確度。 (4)系統化分析新世代定序技術的miRNA與miRNA標的基因資料: 建立系統化分析平台，輸入資料為新世代定序技術之miRNA或miRNA標的基因序列，迅速的分析得到序列資訊、表現量及功能性預測分析。 (5)miRNA-RNA結合蛋白的分析: 目前已發現有多種miRNA-RNA結合蛋白調控模組，建立這些調控模組的調控關係來分析其它RNA結合蛋白，以找出更多的miRNA-RNA結合蛋白。 (6)重建miRNA 調控網路: 經由特定的基因表現資料或蛋白質表現資料與miRNA表現資料作功能性分析，建立miRNA直接調控與間接調控基因的調控網路圖譜。預期研究成果: 本研究發展的重要資料庫，Web服務器或分析工具等資源，預計會廣泛的被研究人員所使用。另外我們也持續的與生物實驗學者合作，利用生物資訊分析結合實驗驗證資料，也可以迅速的闡明許多miRNA在生物體中所扮演的調控角色。
生物系統內分子交互作用及生化路徑之大規模分析---子計畫三:建立大型分子交互作用資料庫系統與資料探索(III)
(2010)
黃憲達
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Huang Hsien-Da
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國立交通大學生物科技學系（所）
運用系統生物學方法研究sRNAs在大腸桿菌的網路調控功能---運用資料庫系統、資料整合與知識探勘於探討細菌中sRNAs的轉錄與調控功能(總計畫及子計畫1)(II)
(2012)
黃憲達
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Huang Hsien-Da
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國立交通大學生物科技學系（所）
運用系統生物學方法研究sRNAs在大腸桿菌的網路調控功能---運用資料庫系統、資料整合與知識探勘於探討細菌中sRNAs的轉錄與調控功能(總計畫及子計畫1)(III)
(2013)
黃憲達
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Huang Hsien-Da
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國立交通大學生物科技學系（所）
運用系統生物學方法研究sRNAs在大腸桿菌的網路調控功能---運用資料庫系統、資料整合與知識探勘於探討細菌中sRNAs的轉錄與調控功能(總計畫及子計畫I)(I)
(2011)
黃憲達
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Huang Hsien-Da
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國立交通大學生物科技學系（所）
運用計算與系統生物學方法重建葡萄糖對胰臟 beta 細胞之量化基因調控網路---運用系統生物學方法重建葡萄糖對胰臟 beta 細胞之基因調控網路(總計畫暨子計畫一)( I )
(2015)
黃憲達
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Huang Hsien-Da
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國立交通大學生物科技學系（所）
重建人類microRNA基因調控網路
(2011)
黃憲達
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Huang Hsien-Da
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國立交通大學生物科技學系（所）
重建人類microRNA基因調控網路
(2010)
黃憲達
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Huang Hsien-Da
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國立交通大學生物科技學系（所）