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2004I. 與哈威弧菌結合之多胜肽適合體之篩選 II. 河流弧菌中推定的溶血素之純化劉妍希; Yen-Hsi Liu; 吳東昆; Tung-Kung Wu; 分子醫學與生物工程研究所
2008Leu29與His93位置之飽和定點突變抹香鯨肌紅蛋白對其過氧化能力之影響吳育勳; Wu, Yu-Hsun; 吳東昆; Wu, Tung-Kung; 生物資訊及系統生物研究所
2016α相位固醇/類固醇醣苷之合成研究郭庭瑋; 吳東昆; Guo, Ting-Wei; Wu, Tung-Kung; 生物科技學系
2013三帖皂?生合成酵素之蛋白質工程及其產生具生物活性化合物之研究吳東昆; WU TUNG-KUNG; 國立交通大學生物科技學系（所）
2014三帖皂?生合成酵素之蛋白質工程及其產生具生物活性化合物之研究吳東昆; WU TUNG-KUNG; 國立交通大學生物科技學系（所）
2015三帖皂?生合成酵素之蛋白質工程及其產生具生物活性化合物之研究吳東昆; WU TUNG-KUNG; 國立交通大學生物科技學系（所）
2011人工重組鋅紫質-肌紅蛋白系統應用於光催化能量轉換之研究張晉豪; Chang, Chin-Hao; 吳東昆; Wu, Tung-Kung; 分子醫學與生物工程研究所
2016以基質輔助雷射解吸電離質譜鑑定重組鱟血漿凝集素與脂多糖之作用關係周聖浩; 吳東昆; Chou, Sheng-Hao; Wu, Tung-Kung; 生物科技學系
2015以臺灣鱟醣分子結合蛋白抑制病原性細菌---利用單株抗體結合質譜技術探討 HPL-多醣作用之醣蛋白體特徵(子計畫二)( II )吳東昆; WU TUNG-KUNG; 國立交通大學生物科技學系（所）
2014以臺灣鱟醣分子結合蛋白抑制病原性細菌-利用單株抗體結合質譜技術探討 HPL-多醣作用之醣蛋白體特徵(子計畫二)( I )吳東昆; WU TUNG-KUNG; 國立交通大學生物科技學系（所）
2013以鐵鐵氫化酶為基礎仿生合成金屬氫簇族並進行光催化產氫研究林家豪; Lin, Jia-Hoa; 吳東昆; Wu,Tung-Kung; 生物科技系所
2016以霍氏格里蒙菌熱穩定溶血素結合辨認胜肽之抗癌藥物之應用盧璟儀; 吳東昆; Lu, Ching-Yi; Wu, Tung-Kung; 生物科技學系
2007仿生太陽能電池元件及其光電能量轉換機制研究---子計畫一(I)吳東昆; WU TUNG-KUNG; 國立交通大學生物科技學系(所)
2009仿生太陽能電池元件及其光電能量轉換機制研究---子計畫一(III)吳東昆; WU TUNG-KUNG; 國立交通大學生物科技學系（所）
2008仿生太陽能電池元件及其光電能量轉換機制研究---子計畫一：(II)吳東昆; WU TUNG-KUNG; 國立交通大學生物科技學系(所)
2007仿生太陽能電池元件及其光電能量轉換機制研究---總計畫(I)吳東昆; WU TUNG-KUNG; 國立交通大學生物科技學系(所)
2008仿生太陽能電池元件及其光電能量轉換機制研究---總計畫(II)吳東昆; WU TUNG-KUNG; 國立交通大學生物科技學系(所)
2009仿生太陽能電池元件及其光電能量轉換機制研究---總計畫(III)吳東昆; WU TUNG-KUNG; 國立交通大學生物科技學系（所）
2009仿生太陽能電池元件及其光電能量轉換機制研究（創新啟動補助方案）吳東昆; WU TUNG-KUNG; 國立交通大學生物科技學系（所）
2012仿生性釕基氫團簇之合成及其光催化產氫之應用研究杜宛珊; Du, Wan-Shan; 吳東昆; Wu, Tung-Kung; 生物科技系所
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