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Rationalization and Design of the Complementarity Determining Region Sequences in an Antibody-Antigen Recognition Interface
(2012-03-22)
Yu, Chung-Ming
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Peng, Hung-Pin
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Chen, Ing-Chien
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Lee, Yu-Ching
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Chen, Jun-Bo
Protein-protein interactions are critical determinants in biological systems. Engineered proteins binding to specific areas on protein surfaces could lead to therapeutics or diagnostics for treating diseases in humans. But designing epitope-specific protein-protein interactions with computational atomistic interaction free energy remains a difficult challenge. Here we show that, with the antibody-VEGF (vascular endothelial growth factor) interaction as a model system, the experimentally observed amino acid preferences in the antibody-antigen interface can be rationalized with 3-dimensional distributions of interacting atoms derived from the database of protein structures. Machine learning models established on the rationalization can be generalized to design amino acid preferences in antibody-antigen interfaces, for which the experimental validations are tractable with current high throughput synthetic antibody display technologies. Leave-one-out cross validation on the benchmark system yielded the accuracy, precision, recall (sensitivity) and specificity of the overall binary predictions to be 0.69, 0.45, 0.63, and 0.71 respectively, and the overall Matthews correlation coefficient of the 20 amino acid types in the 24 interface CDR positions was 0.312. The structure-based computational antibody design methodology was further tested with other antibodies binding to VEGF. The results indicate that the methodology could provide alternatives to the current antibody technologies based on animal immune systems in engineering therapeutic and diagnostic antibodies against predetermined antigen epitopes.
她　日復一日
(2012-03-25)
吳孟芯
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Department of Communication and Technology
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傳播與科技學系
從禮拜一到禮拜五，她和它緊緊相連，只留下禮拜六、日作為給雙方保有私人空間。曾幾何時，時間帶走這些理所當然的一切。
打造幸福時刻　陳欣妏
(2012-03-25)
賴映秀
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Department of Communication and Technology
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傳播與科技學系
華人傳統習俗中，新娘在婚禮當天不能動手做任何事，象徵結婚後能過著有人打理著日常起居的好命生活；然而習俗信不信由人，今日的新娘秘書不單單只是打理結婚行頭，也打造美麗新娘的幸福時刻。
華爾街賭場　人命為籌碼
(2012-03-25)
陳祐元
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Department of Communication and Technology
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傳播與科技學系
在大樓林立的華爾街上，賭博是最快致富的工具，商品本身的價值不容易提高，除非有人想盡辦法去炒作它，將所有實質上的東西變成紙張，透過欺騙投資人達到歛財的目的，華爾街成了賭場，而他們賭的正是人命。
剛柔兼備　職業婦女的挑戰
(2012-03-25)
劉力榛
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Department of Communication and Technology
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傳播與科技學系
隨著女性主義意識抬頭，好萊塢電影近年來也開始做了些調整。2011年，由《慾望城市》的莎拉潔西卡派克，詮釋《凱特的慾望日記》中身為職業婦女的女主角，如何處理現代多數職業婦女共同的處境──兼顧家庭與事業。
分享　讓每一天更好
(2012-03-25)
陳琦
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Department of Communication and Technology
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傳播與科技學系
生活是由無數的畫面，和無限的故事組成的時間軸，在這條時間軸上，每個人每分每秒都因為經歷了一些過程，而對世界產生想法。也因為每個人與人之間的關係不同，扮演的角色不同，所以人類需要透過分享彼此的生命，來完整自己的人生。
Molecularly imprinted ZrO2 photonic-crystal sensors exhibiting high sensitivity and quick response
(2012-03-25)
Chang, Sue-min
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Fang, Chih-hsiang
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環境工程研究所
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Institute of Environmental Engineering
迷韓不歸路　持續入坑
(2012-03-25)
朱筱微
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Department of Communication and Technology
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傳播與科技學系
「你很誇張，根本有病！」這一直是我對自己用盡心力喜愛韓流的評語，也是身旁朋友責罵我行為時的最常使用的語句。我從來都不是一個追求流行風潮、搶看首輪電影或是預購限量商品的人，卻因為不小心「入坑」韓樂圈，而成為人們嗤笑的追星一族。
王品集團　多品牌祕密
(2012-03-25)
林筱娟
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Department of Communication and Technology
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傳播與科技學系
去年全球景氣低迷，王品集團仍創下36%的年營收成長率，年營業額達96億；此外，截至去年，已有超過1330萬人次消費於王品牛排。王品品牌幕後操盤手──高端訓，用兩年的時間完成此書，分享他從事行銷二十年後的心得。
守護最美的花園城市
(2012-03-25)
林彥伶
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Department of Communication and Technology
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傳播與科技學系
「要愛一塊土地，必須先認識她，讓她的故事與景象感動我。」曾入圍金馬獎最佳紀錄片的導演陳樂人，從事影像紀錄工作多年，他也是中興新村的第二代居民。現階段，中興新村面臨了社會變遷與政策的挑戰，為了不讓中興新村走入歷史盡頭，陳樂人選擇用影像紀錄中興新村的今昔發展，更不斷以實際行動守護他所珍視的家鄉。
設計　不只是設計
(2012-03-25)
林冠儀
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Department of Communication and Technology
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傳播與科技學系
「設計」的地位已然脫離了「增加美感」的花瓶角色，不是商業流程中最無關緊要的裝飾設計，而是每個階段都要有的思維。那麼，在這個設計不只是設計的年代，「設計」到底是什麼？
尚待時間的耕耘
(2012-03-25)
王俐文
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Department of Communication and Technology
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傳播與科技學系
本周喀報文章數量仍維持在輕盈的19篇，令原本如坐針氈的編輯台偷偷鬆了口氣，或許大家仍需要時間摸索這學期的主題。但130期也不乏信心滿滿、早已悟出該如何下筆的記者們。
貿易比重攀高危機蠢動
(2012-03-25)
胡哲揚
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Department of Communication and Technology
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傳播與科技學系
英文中，有句諺語是這麼說的：「Don't put all your eggs in one basket」。自從台灣與中國間的經貿活動解禁之後，都在同一個籃子裡的情況就開始浮現。西元2000年，台灣對中國的貿易總額為457億美元，佔台灣當時貿易總額的15.62%。而到了去年（2011），對中國的貿易額已經大幅上升到1693億美元，比例增加至28.70%。
從上班族來看「青貧」現象
(2012-03-25)
蔡雯琪
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Department of Communication and Technology
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傳播與科技學系
一名年輕人在街上搖搖晃晃地走路，接著撞到了一群正要過馬路的上班族，嘴巴喃喃自語說著：「我已經到極限了…...」接著就因體力不支在十字路口倒下，這是黑井勇人（軟體工程師）歷經昨晚在公司加班後的真實寫照。
Preparation of pore-size-tailored TiO2 photocatalysts via the interactions of an ionic liquid with inorganic salts in a sol-gel method
(2012-03-25)
Lee, Chung-Yu
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Chang, Sue-min
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環境工程研究所
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Institute of Environmental Engineering
Role of "dark" np* states in photoabsorption and relaxation processes of pyrazine
(2012-03-25)
Lin, Chih-Kai
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Niu, Yingli
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Lin, Sheng Hsien
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應用化學系
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Department of Applied Chemistry
在流浪中　尋味
(2012-03-25)
蘇冠心
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Department of Communication and Technology
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傳播與科技學系
帶著一本口述歷史，瞿筱葳獨自踏上奶奶七十年前的逃難之路，回台後寫下《留味行》做為旅行的註腳。因為她明白，唯有流浪在那片土地上，才能夠循著思念，活化記憶裡的味道。從越南到上海這段奶奶彼時的流亡路，她重新遇見深藏底心的味道與嶄新的自己。
公共藝術　漫步台北
(2012-03-25)
楊佳靜
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Department of Communication and Technology
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傳播與科技學系
一個美麗的城市，往往能夠輕易抓住居民的心，甚至吸引更多外來者。身為首都的台北市，在公共空間的藝術表現上發展甚久，從散落城市各處的公共藝術作品中，可以看見這一路的變革過程。
Synthesis of low-band gap conjugated polymers for photovoltaic applications
(2012-03-25)
Hsu, Chain-Shu
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應用化學系
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Department of Applied Chemistry
做你的後盾　石宇庭
(2012-03-25)
郭乃午
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Department of Communication and Technology
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傳播與科技學系
「讓這些來比賽的學生知道，他們的背後有一群專業、可靠的人在罩著他們，那種感覺多放心阿。」過去十幾年來，石宇庭用所學幫助在比賽中受傷的運動員，更希望將來能有更多人重視運動傷害防護，為選手築起一道最堅實的後盾。