利用重要功能位置預測直系同源關係

Abstract

準確預測基因功能在蛋白質體的時代扮演著重要的角色。在替未知基因作功能註解 時，最可靠的方式是透過其他物種的直系同源基因來萃取功能資訊。我們提出了一個 以重要位置為基礎的方法來辨識直系同源關係。本研究在同源基因的多序列排比上找 出可以區分不同旁系同源基因的重要位置，並且利用這些位置作為特徵，對於未知基 因進行直系同源關係的預測。我們計畫將本研究應用於數個家族，例如一個高度探討 的桿菌轉錄子家族LacI family，α-proteasome family， glycoprotein hormone family 以 及growth hormone family 等來驗證本研究對於直系同源基因的預測準確度，並且與其 他的親緣分析方法，諸如ClustalW，BLAST，INPARANOID 等，做有系統之比較。