利用分解及重組兩階段方式搜尋未排比核糖核酸之共通結構元

Abstract

許多功能性的核糖核酸在演化過程中保有部分結構元的特徵，藉以維持細胞生命現象。 由於核糖核酸序列的數量日益增長，已經有為數不少的核糖核酸結構預測工具研發完 成，然而其大多乃針對單一核糖核酸做結構預測，隨著資料量的累增，生物學家亦需要 針對核糖核酸族群做共通結構元的預測系統，以便其對核糖核酸家族做定性甚至定量的 分析。目前核糖核酸族群共通結構元預測的系統大多依賴核糖核酸序列的排比前處理或 是依靠複雜的序列與結構同步排比以搜尋共通結構元，然而事先序列的排比結果未必能 提供有用的結構排比基礎，而序列與結構同步排比的計算複雜度過高而降低其實用性， 因此我們提出將結構預測與結構排比分開處理的做法，先利用單一核糖核酸做結構預測 工具將核糖核酸家族的每一個成員之結構預測出來，再將其結構做分解與重組，利用 Gibbs-like 的sampling，我們企圖搜尋核糖核酸家族的共通結構元。我們計畫利用現 有的核糖核酸結構資料庫，例如Rfam，做為系統測試的標準，檢測系統預測的準確度。