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2011藥物-蛋白質網路與結構系統生物探討癌症與神經系統失調-藥物-蛋白質同源網路探討藥物開發與結合機制(總計畫及子計畫I)(I)楊進木; YANG JINN-MOON; 國立交通大學生物科技學系（所）
16-七月-2014藥物篩選方法楊進木; 許凱程
2009蛋白質-配體結合模式預測與其結合區域定性研究陳彥甫; Chen, Yen-Fu; 楊進木; Yang, Jinn-Moon; 生物資訊及系統生物研究所
2005蛋白質二級結構的規則性及其應用朱彥煒; Yen-Wei Chu; 孫春在; 楊進木; Chuen-Tsai Sun; Jinn-Moon Yang; 資訊科學與工程研究所
2003蛋白質交互作用及Pathway預測系統之研究與建構(I)楊進木; YANG JINN-MOON; 國立交通大學生物科技學系
2004蛋白質交互作用及Pathway預測系統之研究與建構(II)楊進木; YANG JINN-MOON; 國立交通大學生物科技學系
16-四月-2016蛋白質激?之選擇性抑制劑、其醫藥組成物及其用途楊進木; 許凱程; 宋姿瑩; 林伸融; 王雲銘; 許光美; 林欣平; 劉婉淳
2004蛋白質結構摺疊新能量函式的最佳化邱一原; Yi-Yuan Chiu; 楊進木; 黃鎮剛; Dr. Jinn-Moon Yang; Dr. Jenn-Kang Huang; 生物資訊及系統生物研究所
2006蛋白質與配體之間親和力之分析許凱程; Kai-Cheng Hsu; 楊進木; Jinn-Moon Yang; 生物資訊及系統生物研究所
2013蛋白質間交互作用小分子抑制劑選擇性促使化學藥劑抗藥性或缺乏半胱胺酸蛋白酶-3之癌細胞死亡陳世勳; Chen, Shih-Hsun; 楊進木; 梁博煌; Yang, Jinn-Moon; Liang, Po-Huang; 生物科技系所
2010資料探勘與篩選後分析方法於多方面生化應用化合物之研究丹尼爾; Clinciu, Daniel L.; 羅濟群; 楊進木; Lo, Chi-Chun; Yang, Jinn-Moon; 資訊管理研究所
2017透過全基因組分析多代自發性乳癌肺轉移模型探討乳癌轉移、抗藥性與癌幹細胞特性李容羽; 楊進木; Lee, Jung-Yu; Yang, Jinn-Moon; 生物資訊及系統生物研究所
2009遠距離同源蛋白之序列比對在蛋白質功能與三級結構預測之應用陳志杰; Chen, Chih-Chieh; 黃鎮剛; 楊進木; Hwang, Jenn-Kang; Yang, Jinn-Moon; 生物資訊及系統生物研究所
2015離胺酸甲基轉移酶的結構分析與藥物發現林傳東; Lin, Chuan-Tung; 楊進木; Yang , Jinn-Moon; 分子醫學與生物工程研究所
2002預測蛋白質間交互作用之新能量模式張育祥; Yu-Shain Chang; 楊進木; Jinn-Moon Yang; 生物科技學系
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