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學術出版;;Publications

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收集所有交通大學研究人員與學生個人或團體所發表之各項學術著作，涵蓋期刊論文、教師專書、學位論文等項。;;Collections of Publications of NCTU Researchers and Students Like Journal Papers and Thesis.

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🏛️國立陽明交通大學機構典藏

Author: search.filters.author.盧錦隆Subject: search.filters.subject.Bioinformatics

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    開發生物資訊新工具去探索RNA病毒序列、結構、功能與演化---以流感病毒與腸病毒為應用模型---含有假結的RNA二級結構預測與其在偵測程序性核糖體移碼基因的應用
    (2008)
    盧錦隆
    ;
    LU CHIN LUNG
    ;
    國立交通大學生物科技學系(所)
    幾乎在所有自然存在的RNA結構中皆可發現所謂的假結(Pseudoknot)，其在各種的生物反應中如RNA的複製、轉錄與轉譯等等扮演著非常重要的角色。例如他們可以擔任程序性核糖體移碼(Programmed Ribosomal Frameshifting)的刺激物。所謂的程序性核糖體移碼乃是一種重新編碼(Recoding)的機制，而且經常在很多的RNA病毒(如SARS冠狀病毒)上被發現。病毒藉由這個機制，可讓正在進行轉譯的核糖體在某一個特定的位置上從原來的讀碼框(Open Reading Frame)切換到新的讀碼框(如-1或+1讀碼框，其中切換到-1讀碼框者佔大多數)，結果產生另一個新的蛋白質，其不同於原來不發生移碼時所產生的蛋白質。據文獻的報導對於利用此機制的病毒，即便很小地改變其移碼效率就可以抑制其繁殖，這意味著程序性核糖體移碼位置可充當抗病毒藥劑的標的。目前為止，被發現的RNA假結大多數是所謂的H型結構，基本上它是一個髮夾(Hairpin)的結構，其中在髮夾迴圈(Hairpin Loop)的核苷酸會和髮夾外面的核苷酸配對並形成一個靠近或非常靠近髮夾的螺旋主幹(Helical Stem)。事實上，較複雜的H型假結也曾被發現，比如說在SARS冠狀病毒上擔任程序性核糖體移碼刺激物的假結就比平常的H型假結多出一個主幹出來。因此，預測這些H型甚至更複雜的假結結構將有助於我們對RNA結構與其功能的了解。在一般標準的熱動力模型(Thermodynamic Model)上，不含假結的最小自由能量(Minimum Free Energy)的RNA二級結構是可以在多項式時間(Polynomial Time)內被計算出來。然而，要去計算含有假結的最小自由能量的RNA二級結構便變成了一件非常困難的事情，因為它已被證明出是件NP-hard的問題。目前已有許多的多項式時間的演算法被設計出來可以用來計算出含有特定型態的假結(如H型假結)的最小自由能量的RNA二級結構。然而，這些演算法的時間與空間(即記憶體)複雜度仍非常的高，故尚不能實際地被拿來處理較長甚至大型的RNA序列。除此之外，這些演算法也不見得能夠偵測出在一條長的RNA序列中所含的H型假結。過去，我們已經提出一個啟發式(Heuristic)的方法可以改進這些演算法去預測H型的假結，同時也把它應用到-1和+1型程序性核糖體移碼的偵測。然而，這個啟發式方法仍有很多可以再被改進與增強的地方，比如說降低其執行時間與所需記憶體的複雜度、增強使其能處理大型序列的能力、改進其預測的準確度、增強使其能夠去預測較複雜的RNA假結結構與偵測其它型態的程序性核糖體移碼(如-2與+2型的程序性核糖體移碼)。在這個子計劃中，我們主要的目的是利用比較基因體學、結構生物資訊學與功能生物資訊學的方法去發展出新的演算法與啟發式方法來進行上述的改良與增強，同時也將去發展出含有假結的RNA二級結構資料庫與程序性核糖體移碼的資料庫。因此，為了完成這些目標我們需要和其他的子計劃成員一起合作，因為他們能夠提供給我們一些在他們研究領域上的專業知識與技術，以及一些在他們子計劃中預期能夠發展出來的相關程式。同時，我們子計劃發展出來的程式與資料庫也能夠幫助其他子計劃成員去研究RNA病毒，例如流行感冒病毒與腸病毒等，並進一步地去探討這些RNA病毒的序列、結構、功能與演化的關係。
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    開發生物資訊新工具去探索RNA病毒序列、結構、功能與演化---以流感病毒與腸病毒為應用模型-含有假結的RNA二級結構預測與其在偵測程序性核糖體移碼基因的應用
    (2009)
    盧錦隆
    ;
    LU CHIN LUNG
    ;
    國立交通大學生物科技學系(所)
    幾乎在所有自然存在的RNA結構中皆可發現所謂的假結(Pseudoknot)，其在各種的生物反應中如RNA的複製、轉錄與轉譯等等扮演著非常重要的角色。例如他們可以擔任程序性核糖體移碼(Programmed Ribosomal Frameshifting)的刺激物。所謂的程序性核糖體移碼乃是一種重新編碼(Recoding)的機制，而且經常在很多的RNA病毒(如SARS冠狀病毒)上被發現。病毒藉由這個機制，可讓正在進行轉譯的核糖體在某一個特定的位置上從原來的讀碼框(Open Reading Frame)切換到新的讀碼框(如-1或+1讀碼框，其中切換到-1讀碼框者佔大多數)，結果產生另一個新的蛋白質，其不同於原來不發生移碼時所產生的蛋白質。據文獻的報導對於利用此機制的病毒，即便很小地改變其移碼效率就可以抑制其繁殖，這意味著程序性核糖體移碼位置可充當抗病毒藥劑的標的。目前為止，被發現的RNA假結大多數是所謂的H型結構，基本上它是一個髮夾(Hairpin)的結構，其中在髮夾迴圈(Hairpin Loop)的核苷酸會和髮夾外面的核苷酸配對並形成一個靠近或非常靠近髮夾的螺旋主幹(Helical Stem)。事實上，較複雜的H型假結也曾被發現，比如說在SARS冠狀病毒上擔任程序性核糖體移碼刺激物的假結就比平常的H型假結多出一個主幹出來。因此，預測這些H型甚至更複雜的假結結構將有助於我們對RNA結構與其功能的了解。在一般標準的熱動力模型(Thermodynamic Model)上，不含假結的最小自由能量(Minimum Free Energy)的RNA二級結構是可以在多項式時間(Polynomial Time)內被計算出來。然而，要去計算含有假結的最小自由能量的RNA二級結構便變成了一件非常困難的事情，因為它已被證明出是件NP-hard的問題。目前已有許多的多項式時間的演算法被設計出來可以用來計算出含有特定型態的假結(如H型假結)的最小自由能量的RNA二級結構。然而，這些演算法的時間與空間(即記憶體)複雜度仍非常的高，故尚不能實際地被拿來處理較長甚至大型的RNA序列。除此之外，這些演算法也不見得能夠偵測出在一條長的RNA序列中所含的H型假結。過去，我們已經提出一個啟發式(Heuristic)的方法可以改進這些演算法去預測H型的假結，同時也把它應用到-1和+1型程序性核糖體移碼的偵測。然而，這個啟發式方法仍有很多可以再被改進與增強的地方，比如說降低其執行時間與所需記憶體的複雜度、增強使其能處理大型序列的能力、改進其預測的準確度、增強使其能夠去預測較複雜的RNA假結結構與偵測其它型態的程序性核糖體移碼(如-2與+2型的程序性核糖體移碼)。在這個子計劃中，我們主要的目的是利用比較基因體學、結構生物資訊學與功能生物資訊學的方法去發展出新的演算法與啟發式方法來進行上述的改良與增強，同時也將去發展出含有假結的RNA二級結構資料庫與程序性核糖體移碼的資料庫。因此，為了完成這些目標我們需要和其他的子計劃成員一起合作，因為他們能夠提供給我們一些在他們研究領域上的專業知識與技術，以及一些在他們子計劃中預期能夠發展出來的相關程式。同時，我們子計劃發展出來的程式與資料庫也能夠幫助其他子計劃成員去研究RNA病毒，例如流行感冒病毒與腸病毒等，並進一步地去探討這些RNA病毒的序列、結構、功能與演化的關係。
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    開發生物資訊新工具去探索RNA病毒序列、結構、功能與演化---以流感病毒與腸病毒為應用模型---含有假結的RNA二級結構預測與其在偵測程序性核糖體移碼基因的應用
    (2010)
    盧錦隆
    ;
    LU CHIN LUNG
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    國立交通大學生物科技學系（所）
    幾乎在所有自然存在的RNA結構中皆可發現所謂的假結(Pseudoknot)，其在各種的生物反應中如RNA的複製、轉錄與轉譯等等扮演著非常重要的角色。例如他們可以擔任程序性核糖體移碼(Programmed Ribosomal Frameshifting)的刺激物。所謂的程序性核糖體移碼乃是一種重新編碼(Recoding)的機制，而且經常在很多的RNA病毒(如SARS冠狀病毒)上被發現。病毒藉由這個機制，可讓正在進行轉譯的核糖體在某一個特定的位置上從原來的讀碼框(Open Reading Frame)切換到新的讀碼框(如-1或+1讀碼框，其中切換到-1讀碼框者佔大多數)，結果產生另一個新的蛋白質，其不同於原來不發生移碼時所產生的蛋白質。據文獻的報導對於利用此機制的病毒，即便很小地改變其移碼效率就可以抑制其繁殖，這意味著程序性核糖體移碼位置可充當抗病毒藥劑的標的。目前為止，被發現的RNA假結大多數是所謂的H型結構，基本上它是一個髮夾(Hairpin)的結構，其中在髮夾迴圈(Hairpin Loop)的核苷酸會和髮夾外面的核苷酸配對並形成一個靠近或非常靠近髮夾的螺旋主幹(Helical Stem)。事實上，較複雜的H型假結也曾被發現，比如說在SARS冠狀病毒上擔任程序性核糖體移碼刺激物的假結就比平常的H型假結多出一個主幹出來。因此，預測這些H型甚至更複雜的假結結構將有助於我們對RNA結構與其功能的了解。在一般標準的熱動力模型(Thermodynamic Model)上，不含假結的最小自由能量(Minimum Free Energy)的RNA二級結構是可以在多項式時間(Polynomial Time)內被計算出來。然而，要去計算含有假結的最小自由能量的RNA二級結構便變成了一件非常困難的事情，因為它已被證明出是件NP-hard的問題。目前已有許多的多項式時間的演算法被設計出來可以用來計算出含有特定型態的假結(如H型假結)的最小自由能量的RNA二級結構。然而，這些演算法的時間與空間(即記憶體)複雜度仍非常的高，故尚不能實際地被拿來處理較長甚至大型的RNA序列。除此之外，這些演算法也不見得能夠偵測出在一條長的RNA序列中所含的H型假結。過去，我們已經提出一個啟發式(Heuristic)的方法可以改進這些演算法去預測H型的假結，同時也把它應用到-1和+1型程序性核糖體移碼的偵測。然而，這個啟發式方法仍有很多可以再被改進與增強的地方，比如說降低其執行時間與所需記憶體的複雜度、增強使其能處理大型序列的能力、改進其預測的準確度、增強使其能夠去預測較複雜的RNA假結結構與偵測其它型態的程序性核糖體移碼(如-2與+2型的程序性核糖體移碼)。在這個子計劃中，我們主要的目的是利用比較基因體學、結構生物資訊學與功能生物資訊學的方法去發展出新的演算法與啟發式方法來進行上述的改良與增強，同時也將去發展出含有假結的RNA二級結構資料庫與程序性核糖體移碼的資料庫。因此，為了完成這些目標我們需要和其他的子計劃成員一起合作，因為他們能夠提供給我們一些在他們研究領域上的專業知識與技術，以及一些在他們子計劃中預期能夠發展出來的相關程式。同時，我們子計劃發展出來的程式與資料庫也能夠幫助其他子計劃成員去研究RNA病毒，例如流行感冒病毒與腸病毒等，並進一步地去探討這些RNA病毒的序列、結構、功能與演化的關係。
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    建置新一代高通量定序分析平台---從定序、功能、到系統生物網路---利用次世代定序資料進行基因體重組的研究與結構變異的偵測
    (2011)
    盧錦隆
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    LU CHIN LUNG
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    國立交通大學生物科技學系（所）
    次世代定序(NGS)技術使得基因體的定序愈來愈快也愈來愈便宜，可以預期不久的將來會有許多物種的 基因體被NGS 技術給定序出來。然而目前NGS 技術所定序出來的基因體大都只是由一些前後次序未知 的contigs/scaffolds 所組成的草圖。雖然這些基因體草體可能就已足夠讓科學家進行許多比較基因體的分 析，但卻不能直接被拿來進行基因體重組的研究，因為目前被設計出來的基因體重組演算法需要完整的 基因體資料，基因體裡的每一個染色體皆用基因或標記的次序來表示，才能夠去計算出二個基因體之間 的重組距離。因此如何設計出有效率的基因體重組演算法把前後次序未知的contigs/scaffolds 給組合起來 並正確地計算出組合基因體之間的重組距離，以及如何利用這些重組距離去建構出不同物種之間的演化 關係將是本子計劃的主要研究課題之一。除此之外，本子計劃也將進一步去研究如何偵測出發生在這些 組合基因體上大規模的結構變異，這些結構變異(包含DNA 片斷的插入、刪除、翻轉、移位、區段互 換、易位、融合、分裂等)常與癌症的發生息息相關，因此找出癌症基因體上的結構變異將有助於人類癌 症與其它疾病的診斷與治療，同時也可幫助我們了解基因體在生命演化的過程中是如何成形的。