分子演化

Abstract

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本課程是由交通大學生物科技學系提供。

講述利用分子資料，例如 DNA 或蛋白質序列，建立演化樹的理論、數學模型、與方法。並學習如何操作使用應用軟體(不需程式設計能力)，研究物種間或基因間的親緣關係及分子演化的歷史。

課程目標/概述 講述利用分子資料，例如 DNA 或蛋白質序列，建立演化樹的理論、數學模型、與方法。並 學習如何操作使用應用軟體(不需程式設計能力)，研究物種間或基因間的親緣關係及分子演化的歷史。

課程章節

課程週次 單元主題

第一週 Introduction

第二週 Dynamics of Genes in Populations

第三週 Dynamics of Genes in Populations

第四週 Models of Nucleotide Substitution

第五週 Models of Nucleotide Substitution

第六週 Models of Nucleotide Substitution

第七週 放假

第八週 Alignment

第九週 Phylogeny Reconstruction: Distance Methods

第十週 Phylogeny Reconstruction: Maximum Parsimony

第十一週 Phylogeny Reconstruction: Maximum Likelihood

第十二週 Comparison of Methods and Tests on Trees

第十三週 Molecular Clock and Estimation of Species Divergence Times

第十四週 Neutral and Adaptive Protein Evolution

第十五週 Neutral and Adaptive Protein Evolution

第十六週 DNA Polymorphism in Populations

第十七週 Bayesian Methods; MCMC Algorithms under the Coalescent Model

第十八週 略

課程書目

Molecular evolution" by Wen-Hsiung Li; Sunderland, Mass. :Sinauer Associates, c1997. Molecular evolution :a phylogenetic approach" by Roderic D.M. Page, Edward C. Holmes; Oxford; Blackwell Science, 1998. Computational Molecular Evolution" by Ziheng Yang; Oxford University Press, 2006.

評分標準

項目 百分比

作業 100%

授課對象：研究所學生

預備知識：普通生物學