利用核醣核酸的二級結構及基因規劃法找尋其共同結構元

Abstract

功能性核醣核酸參與了許多生命中的重要反應，使得人們想要了解各核醣核酸的功能。由於核醣核酸的功能與二級結構有密切關係，使得預測核醣核酸二級結構成為生物資訊中一個發展中的課題。本論文中，我們提出一個融合多重策略的方法，自相關核醣核酸序列的二級結構，尋找具特徵的共同結構元。我們首先使用Mfold做為前處理器，預測單一核醣核酸序列的完整二級結構。之後，將Mfold的結果轉換為我們設計的核醣核酸表示法，使用基因規劃法找出其共同的結構元。在測試了數個真實的核醣核酸家族之後，我們驗證了本方法能夠有不錯的表現。