基因調控網路之組合型重建(I)

Abstract

由計算機科學之觀點來看，特定的基因序列設定了特殊之基因表現程式，而這些程 式的執行則產生了特定功能的細胞。而實際上，要使這些基因表現程式正常運作，通 常需仰賴許許多多基因的共同合作，這當中牽連著複雜的轉錄因子與基因間的調控。 為瞭解細胞中基因表現程式的運作，我們可以建構基因與調控因子的交互網路以模擬 基因調控之機制。隨著微矩陣技術的成熟，不同生物分析的實驗產生大量的基因表現 資料，這種大量且高速的基因表現分析與解讀，已成為最俱潛力的基因網路重建方法， 如何有效地推論出正確的基因調控網路已儼然成為生物資訊研究中一項重要的課題。 目前已有許多重建機因網路的方法，它們使用不同的網路表述法與推論策略，在給定 的轉錄因子及基因之下，我們的目標是建立一個能夠說明這些基因與調控子之間的交 互作用的調控網路。由於一個調控網路可以被分解成多個調控模組，而每個相關於某 特定細胞狀況的模組正代表了某個功能元件，它包括了控制元與被調控的基因。我們 可以利用一個由下至上的推論法，根據基因表現先建立對應的模組，再利用模組間的 連結關係建構一個完整的調控網路。