利用混合模型對微陣列影像做影像切割

Abstract

微陣列技術是利用cDNA 或寡核□酸(oligonucleotide)的探針進行雜交反應(hybridization)去偵測RNA在樣本內的表現水準。藉由雷射掃描器可檢測探針與目標染料的雜交對所放出的螢光量。因此，一台掃描器發現的螢光量與RNA的表現水準有關。所以微陣列影像的強度分析對於測量RNA的表現水準是重要的步驟。 在此研究中，我們將考慮雙色微陣列，如紅色或綠色影像即是分別用Cy5 或Cy3染劑於控制組與對照組樣本上。具體而言，我們將應用混合模型去分割出訊號值及背景值。這是因為混合模型可以靈活地使用不同的參數，例如位置及尺度參數，去建構訊號值及背景值的分配。 我們透過微陣列影像上己知Cy5和Cy3目標比率的spike genes，來比較混合模型與GenePix 6.0軟體的切割成效。計算spike genes的平均測量比率與標地比率之間的相對均誤差來衡量影像切割的成效。我們在本研究中發現，由混合模型的切割方法可以降低其相對均誤差及改善測量比率的準確性。