卵巢癌基因晶片資料前處理與分析(I)

Abstract

卵巢癌晶片之智慧型計算及分子演化與控制之研究 子計畫一：卵巢癌基因晶片資料前處理及分析 Pre-processing and analysis of microarray datasets for ovarian cancers 中文摘要： 卵巢癌是婦科癌症中存活率最低的癌症，主要是因為缺乏早期診斷的方法，發現 時癌細胞大多轉移。縱然在對藥物反應良好的病人上，卵巢癌還容易復發。雖然 已發現如c-erb-B2, c-myc, and p53 等基因在卵巢癌中有增強表現，然而皆無法用 來診斷病變，或是用來追蹤及預測腫瘤的變化。 微陣列（基因晶片）能大量平行偵測基因表現，可以同時觀察至少一萬個基因的 活性，我們將以微陣列研究卵巢腫瘤，研究分析卵巢癌基因表現的差異，借此瞭 解卵巢腫瘤轉化成為卵巢癌的機制，並尋找卵巢癌分子診斷標記。 近年來，微陣列已漸漸普及化化，但是市面上的微陣列服務良莠不齊，無法提供 高品質及一致的晶片，所獲得的資料無法使用，容易誤導，因而無法進行資料分 析。我們已有三年執行國家型計畫基因晶片核心實驗室的寶貴經驗，本實驗室將 致力於建立卵巢腫瘤基因晶片的標準化，提供高品質、高一致性的微陣列資料。 第一年將建立包含三萬個基因的晶片標準化程序，第二年將分離卵巢腫瘤相關基 因建立「卵巢癌晶片」，第三年將進行臨床篩檢，使計畫成果能於短期內應用。 特定目標為： 第一年： 1. 建立包含三萬個基因的晶片標準化程序 2. 提供二十套卵巢腫瘤微陣列資料 第二年： 1. 提供二十套卵巢腫瘤微陣列資料 2. 分離卵巢腫瘤相關基因建立「卵巢癌晶片」 第三年：1. 提供二十套卵巢腫瘤微陣列資料，含其他非卵巢的腫瘤 2. 進行臨床篩檢