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2013三帖皂?生合成酵素之蛋白質工程及其產生具生物活性化合物之研究吳東昆; WU TUNG-KUNG; 國立交通大學生物科技學系（所）
2014三帖皂?生合成酵素之蛋白質工程及其產生具生物活性化合物之研究吳東昆; WU TUNG-KUNG; 國立交通大學生物科技學系（所）
2015三帖皂?生合成酵素之蛋白質工程及其產生具生物活性化合物之研究吳東昆; WU TUNG-KUNG; 國立交通大學生物科技學系（所）
2015以臺灣鱟醣分子結合蛋白抑制病原性細菌---利用單株抗體結合質譜技術探討 HPL-多醣作用之醣蛋白體特徵(子計畫二)( II )吳東昆; WU TUNG-KUNG; 國立交通大學生物科技學系（所）
2014以臺灣鱟醣分子結合蛋白抑制病原性細菌-利用單株抗體結合質譜技術探討 HPL-多醣作用之醣蛋白體特徵(子計畫二)( I )吳東昆; WU TUNG-KUNG; 國立交通大學生物科技學系（所）
2007仿生太陽能電池元件及其光電能量轉換機制研究---子計畫一(I)吳東昆; WU TUNG-KUNG; 國立交通大學生物科技學系(所)
2009仿生太陽能電池元件及其光電能量轉換機制研究---子計畫一(III)吳東昆; WU TUNG-KUNG; 國立交通大學生物科技學系（所）
2008仿生太陽能電池元件及其光電能量轉換機制研究---子計畫一：(II)吳東昆; WU TUNG-KUNG; 國立交通大學生物科技學系(所)
2007仿生太陽能電池元件及其光電能量轉換機制研究---總計畫(I)吳東昆; WU TUNG-KUNG; 國立交通大學生物科技學系(所)
2008仿生太陽能電池元件及其光電能量轉換機制研究---總計畫(II)吳東昆; WU TUNG-KUNG; 國立交通大學生物科技學系(所)
2009仿生太陽能電池元件及其光電能量轉換機制研究---總計畫(III)吳東昆; WU TUNG-KUNG; 國立交通大學生物科技學系（所）
2009仿生太陽能電池元件及其光電能量轉換機制研究（創新啟動補助方案）吳東昆; WU TUNG-KUNG; 國立交通大學生物科技學系（所）
2004利用氧化鯊烯環化酵素作為篩選胜太/核酸Aptamer之研究吳東昆; WU TUNG-KUNG; 交通大學生物科技研究所
2006利用氧化鯊烯環化酵素作為篩選胜月太適合體及其擬胜月太之研究(II)吳東昆; WU TUNG-KUNG; 國立交通大學生物科技學系(所)
2005利用氧化鯊烯環化酵素作為篩選胜﹝月太﹞適合體及其擬胜﹝月太﹞之研究(I)吳東昆; WU TUNG-KUNG; 國立交通大學生物科技學系(所)
2001弧菌屬微生物代謝產物之分析、活性測試及其固定化方法之研發與改進 (I)吳東昆; WU TUNG-KUNG; 交通大學生物科技學系
2000氧化鯊烯環化酵素之作用機制探討與酵素結構鑑定(I)吳東昆; WU TUNG-KUNG; 國立交通大學生物科技研究所
2001氧化鯊烯環化酵素之作用機制探討與酵素結構鑑定(II)吳東昆; WU TUNG-KUNG; 交通大學生物科技研究所
2000氧化鯊烯環化酵素之導向演化的研究及其光親和標記的設計與合成吳東昆; WU TUNG-KUNG; 交通大學生物科技研究所
2010氧化鯊烯環化酵素之易曲性及其於形成具生物活性產物之研究吳東昆; WU TUNG-KUNG; 國立交通大學生物科技學系（所）
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