藉由序列側寫比對偵測遙遠的蛋白質同源關係

Abstract

我們的研究提供了一個通用的側寫比對程式。我們所提出的方法稱為PROF2，這個方法採用兩種不同的側寫(profile)資訊: 序列側寫資訊以及結構側寫資訊，資訊的相互結合而增加側寫比對整體的成功率，同時，我們的方法相當的具有彈性，不只可以單純利用序列的側寫檔案，我們更可以使用任何形式類似的側寫檔案，並且准許使用者自訂各種必需要的參數，以用來偵測蛋白質遙遠的同源關係。我們將加入二級結構資訊的程式用另一個名字命名加以區分，PROF2’。 我們的方法在所有的實驗數據上，都大幅的領先之前一些公認較佳的程式，同時，我們也發現加入二級結構的資訊可以有效的增加成功率，尤其是在錯誤較少的情況下。